Deux Masters Recherche peuvent intéresser les élèves de l'ISIMA :
Ces deux Masters recherche font partie de l'École Doctorale des Sciences pour l'Ingénieur de l'Université Blaise PASCAL. Chaque année, plusieurs étudiants de l'ISIMA ayant obtenu un de ces Masters recherche, poursuivent leurs études en Thèse au sein d'un des laboratoires animant cette École doctorale, en bénéficiant d'un financement public ou privé (Bourses, CNRS, FRANCE TELECOM R&D, INSERM, Contrats Industriels,...).