L’ISIMA a décidé en 2011 de mettre en place un Système de Management de la Qualité conforme à la norme ISO 9001 et de demander la certification ISO 9001. En février 2014, l’audit de certification a rendu un avis favorable, et l’école est donc certifiée ISO 9001.
En 2023, l’école a renouvelé sa certification selon la nouvelle version 2015 de la norme.
Le champ couvert par la certification est constitué de la qualité de la formation initiale des ingénieurs dans le domaine de l’informatique et de la modélisation et des services rendus aux élèves ingénieurs.